El 7 de mayo, la Secretaría General de la Comunidad Andina (CAN) emitió tres resoluciones —la 2581, 2582 y 2583— que declararon ilegales tanto las medidas arancelarias ecuatorianas como las represalias colombianas, ordenando a ambos países desmontar sus gravámenes en un plazo de diez días hábiles. El dictamen central concluyó que Ecuador incumplió los criterios de objetivo legítimo, idoneidad, necesidad y proporcionalidad exigidos para excepcionar el libre comercio.

Asimismo, la Secretaría determinó que el cierre de pasos fronterizos no mitigó el tráfico ilícito, al desplazarse este hacia rutas no autorizadas. La CAN invalidó también las contramedidas de Bogotá, al ratificar que el Acuerdo de Cartagena prohíbe represalias comerciales unilaterales. Los gremios exportadores de ambos países celebraron el fallo, mientras que los gobiernos no se pronunciaron sobre su implementación.

El fallo llegó tres días después de que Ecuador anunciara una reducción de la tasa de seguridad del 100 al 75% a partir del 1 de junio, y apenas una semana después de la entrada en vigor del arancel máximo. Mientras Quito presentó la medida como una señal de apertura a la cooperación bilateral en seguridad, la canciller colombiana Rosa Villavicencio la interpretó como una respuesta al desabastecimiento interno generado por las restricciones comerciales.

La relación bilateral se ha visto severamente afectada por la denuncia penal de Gustavo Petro contra Daniel Noboa por calumnia, derivada de las manifestaciones de Noboa acerca de la falta de compromiso de Colombia en la seguridad fronteriza, y por su reciente comunicación con la candidata presidencial Paloma Valencia, lo cual fue denunciado por la Casa de Nariño como una interferencia indebida en los comicios del 31 de mayo.

El conflicto bilateral conlleva, además, una dimensión energética que el gobierno ecuatoriano debió atender con un cambio de gabinete. El 7 de mayo, Noboa designó a Juan Carlos Blum como nuevo ministro de Ambiente y Energía en reemplazo de Inés Manzano, en un contexto marcado por un déficit eléctrico que bordea los 900 megavatios en períodos de alta demanda y por la interrupción del suministro colombiano, que en años recientes llegó a cubrir hasta el 8% de la demanda nacional.