Marlon Vargas asumió la presidencia de la Confederación de Nacionalidades Indígenas del Ecuador (CONAIE) para el período 2025-2028, tras vencer por estrecho margen a Leonidas Iza. La CONAIE es la organización social más grande y con mayor capacidad de movilización del país.

Vargas ha expresado su intención de priorizar la unidad interna de la organización y abrir canales de diálogo con el gobierno de Noboa, aunque ha declarado que las conversaciones deben darse en un marco de respeto y sin imposiciones externas. Sin embargo, sus primeras acciones han generado divisiones, como la reunión que mantuvo con los asambleístas expulsados de Pachakutik, brazo político-electoral de la CONAIE, que votaron sistemáticamente con el oficialismo desde la reelección de Noboa.

El ministro de Gobierno, José De La Gasca, valoró positivamente la llegada de Vargas al liderazgo indígena, considerándolo un giro político frente a la línea “ideológica” de Iza.